الفهرس 
Possible Occurrence of Pathogenic E.Coli in the Egyptian Agricultural Environment (Soil- Plant – Water)
AbstractOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 156 |  |  |
| | | from | 156 | | |
Abstract
منذ القدم وتزرع الحلبة (Trigonella foenum graecum L.) من بين المحاصيل البقوليه المصريه التقليدية وذلك لقيمتها الغذائيه العاليه كبذور او براعم . كمحصول نباتي مزروع يمكن ان يحدث تلوثا في اي مرحله من مراحل الانتاج .بالانواع مختلفه من انواع الاشريكيه القولونيه E.coli التي قد تسبب امراضا معويه للانسان .تعتبر المجترات هي الخزان الطبيعي للانواع المختلفه للاشريكيه القولونيه E.coli مثل سلالات O157:H7 وO104:H4 والتي تفرز بأعداد كبيره في البيئه المحيطه .
تم فحص البيئه الزراعيه لحقول الحلبه في صعيد مصر ( محافظتي المنيا والفيوم ) من حيث الجوده الميكروبيه واحتماليه التلوث بالاشريكيه القولونيه الممرضهpathogenic E.coli .وشمل هذا مؤشرات التلوث : إجمالي عدد البكتريا ( (HPCعند درجه حراره 20درجه مئويه و 35 درجه مئويه , إجمالي بكتريا القولونيات (TC), بكتريا القولونيات البرازيه (FC) والنسبه بينهم. بصوره عامه أظهرت مياه الري كثافه بكتريا القولونيات البرازيه (FC) اقل من 10 CFU/100ml, وإجمالي عدد البكتريا ( (HBCاقل من 105 المستويات المسموح بها من قبل منظمه الصحه العالميه لمصادر المياه(WHO) . بينما كانت بيئه التربه-النبات في منطقه الفيوم ذات جوده ميكروبيولوجيه أعلي بالمقارنه مع المنيا. من العينات الاصليه والمخصبة لكلا البيئتين, تم الحصول علي أكثر من 1000 عزله وخضعت لاختبارات كيميائيه حيويه متعدده مثل القدره علي النمو وتخمير السوربيتول الموجود في البيئة CT-SMAC . تم اخضاع 106 عزله لاختبارات API والتي اثبتت انتماءها الي Proteobacteria, Gammaproteobacteria, Enterobacteriales, Enterobacteriaceae, وتمثل الاجناس/الانواع : Enterobacter spp. (70) Klebsiella spp. (9), Pantoea spp. (7), Pseudomonas aeruginosa (5), Serratia ficaria (5), S.liquefaciens (3), Providencia alcalifaciens (2), Escherichia spp. (2), Raoultella spp. (1), S. odorifera (1) and S. marcescens (1). بناءا علي التفاعلات الكيميائيه الحيويه وAPI , تم فصل ممثلي مجموعه Enterobacteriaceae الي مجموعات فرعيه عن طريق التحليل العنقودي clustering analysis وفقا الي اصلها البيئي , سماد, تربه أو المجموع الجذري للنبات , مؤشرا علي تأثير البيئه.
تم عمل تسلسل جيني ناجح لعدد 33 عزله وتحليل فيلوجيني عنقودي للتميز بين مجموعتين رئيسيتين من شعبه Firmicutes (متمثله فيBacillus spp., Brevibacillus spp. Exiguobacterium spp.و)وشعبه Proteobacteria
(مع مجموعات فرعيهEnterobacter spp., Klebsilla spp., Pantoea spp. Pseudomonas spp. Escherichia coli).
مع تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل الكمي qPCR, جميع العزلات أظهرت اشارات سلبيه للجينات الممرضه stx1 , stx2, eae و ehly.
أيضا تم عمل تحليل ميكروبيولوجي لكل من بذور وبراعم الحلبه. بناءا علي الاختبارات المورفولوجيه الفسيولوجيه تم اجراء تسلسل اضافي لعدد 20 عزله ممثله , لم يكن اي منها ينتمي الي E.coli ولكن Enterobacter spp., Klebsiella spp., , Acinetobacter spp.
أثبت التحليل المصلي Serotyping ل 11 عينه من الاشريكيه القولونيه المفترضه (http://www.bfr.bund.de/en/home.html)
لم يكن اي منها من النوع STEC/VTEC/EHEC , وعزله الاشريكيه القولونيه E.coli التي تم الحصول عليها من مياه الري ليست بكتريا قولونيه E.coli بينما العزلات الاخري تنتمي الي الاشريكيه القولونيه E.coli O88:H25.